Монографії:

1.Брехуненко В. Стосунки українського козацтва з Доном у ХVІ – середині ХVІІ ст. Київ; Запоріжжя 1998,336 с.

2. Брехуненко В. Московська експансія і Переяславська рада 1654 року. Київ, 2005, 386 с.

3. Брехуненко В. Козаки на Степовому Кордоні Європи. Типологія козацьких спільнот у у ХVІ – першій половині ХVІІ ст. Київ, 2011, 504 с.

4.Брехуненко В. Програна битва виграної війни. Битва під Берестечком 1651 року. Київ, 2013, 116 с.

5. Брехуненко В. «Дивна то і несказанна мужність…». Козаки у Хотинській війні 1654 року. Київ, 2013, 124 с.

6. Брехуненко В. Східна брама Європи. Козацька Україна в середині XVII–XVIII ст. Київ, 2014, 504 с.

7. Брехуненко В. Війна за свідомість. Російські міфи про Україну та її минуле. Київ, 2017, 280 с.

8. Брехуненко В., Синяк І. Адвокати в судочинстві ранньомодерної Української держави – Гетьманщини. Київ, 2017, 432 с.

9.Брехуненко В., Грибовський В., Мицик Ю., Піскун В., Синяк І., Тарасенко І. Між конфронтацією та взаємодією: українсько-кримські та українсько-ногайські стосунки  у XVII – першій половині ХХ ст. Київ, 2018, 344 с.

10. Брехуненко В. Україна й українці. Ім’я як поле битви. Київ, 2020, 272 с.

11. Брехуненко В., Бойко П., Заяць А. Просторові межі українського світу: комплекс уявлень та їхня реалізація в ранньомодерній Україні (XVI – XVIII ст.). Львів; Київ, 2023. 480 с.

Збірники документів:

12. Брехуненко В., Мицик Ю. Джерела з історії Жовтоводської битви. Запоріжжя, 1999, 52 с.

13. Документи українського козацтва XVI – першої половини XVII ст.: універсали, листування, угоди, присяги, В. Брехуненко (відпов. секретар), О. Заяць, Ю. Мицик, С. Потапенко, В. Щербак). Київ, 2016, 608 с.

14. Архів ранньомодерної  Української держави, т. 1: документи колекції Олександра Лазаревського, ч. 1 (серія: Документи Генерального військового суду та Генеральної військової канцелярії), упор. В. Брехуненко, І. Тарасенко. Київ, 2019, 432 с.

15. Територія, мережа поселень, персональний склад запорозького козацтва середини 1770 – початку 1780-х рр.: збірник документів, упор. П. Бойко, В. Брехуненко, А. Заяць, О. Амеліна. Львів; Київ, 2021, 544 с.

16. Еволюція складу населення Південної України останньої чверті XVIII ст. – початку ХІХ ст. в описово-статистичних джерелах, упор. П. Бойко, В. Брехуненко, А. Заяць, О. Амеліна. Львів; Запоріжжя 2023, 584 с.

Науково-популярні брошури:

17.Брехуненко В. Богдан Хмельницький, Київ, 2007, 72 с.

18. Брехуненко В. Як Росія Україною торгувала, Київ, 2007, 64 с.

19.Брехуненко В. Морські війни українських козаків,  Київ, 2007, 80 с.

20. Брехуненко В. Українська держава доби Богдана Хмельницького, Київ, 2009, 64 с.

21. Брехуненко В. Війни українських козаків з Росією до часів Богдана Хмельницького, Київ, 2014, 64 с.

22. Brehunenko W., Ceselski T., Korytko A., Nagielski M. Chocim. 400 lat wspólnej historii. Warszawa, 2021. 252 s.

Статті:

23. Breсhunenko Viсtor. Les relations entre la cosaquerie ukrainienne et celle du Don aux XVІе et XVІІе siecles, Les cosaques de L’Ukraine. Role historique, representations litteraires et artistiques, Paris, 1995, s.75–83.

24. Brechunenko W. Ukraina i Moskwa od ХV do pollowy ХVІІ w. O poczatkach rosyjskiej hegemonii w Europie Wschodniej, Mowia wieki, 12(1995), s.16–20.

25. Brechunenko W. Kozaczyzna ukrainna wobec kwestii obrony granic Rzeczypospolitej przed najazdami tatarskimi w pierwszej polowie ХVІІ stulecia, Prace naukowe Wyzszej Szkoly Pedagogicznej w Czestochowie, 5 (1998), s. 37–52.

26. Брехуненко В. А. Переяславська рада в російській історіографії 1654 року, Переяславська рада 1654 року (історіографія та дослідження), гол. ред. П. Сохань, Київ, 2003, с.605–653.

27. Брехуненко В. А. Московська держава і козацько-татарський військовий союз 1624–1629 рр., Україна та Росія: проблеми політичних і соціокультурних відносин, відпов. ред.. В. А Смолій, Київ, 2003, С. 66–84.

28. Брехуненко В. А. Типологія Степового Кордону Європи і перспектива дослідження історії східноєвропейських козацтв, Україна в Центрально-Східній Європі (з найдавніших часів до кінця ХУІІІ ст., відпов. ред. В. Смолій вип. 6, Київ, 2006, с. 453–488.

29. Brechunenko W. Kozaczyzna і ksztaltowanie się nowej tożsamości ukraińskiej, Rzeczpospolita w XVI–XVIII wieku. Panstwo czy wspolnota, pod red. B. Dybasia, P. Hanszewskiego, Toruń, 2007, s. 149–158.

30. Brechunenko W. Szwecja w politycznych koncepcjach Bohdana Chmielnickiego, Z dziejów stosunków Rzeczypospolitej Obojga  Narodów ze Szwecją w XVII wieku, red. M. Nagielski, Warszawa, 2007, s. 303–311.

31. Брехуненко В. А. Козацький традиціоналізм і Гадяцький дискурс, 350–lеcie unii Hadziackiej (1658–2008), red. T. Chynczewska-Hennel, M. Nagielski, P. Kroll,Warszawa, 2008, s. 69–87.

32. Брехуненко В. А. Кримський ханат і Зборів 1649: ґенеза козацьких планів Іслам-Гірея, Od Zborowa do NATO. Stosunki polsko-ukraińskie od XVII do XXI wieku, red. M. Franz i K. Pietkiewicz, red. M. Franz i K. Pietkiewicz, Poznań, 2009, s. 46–68.

33. Brekhunenko V. Lublin 1569 i Hadiacz 1658: dwie ukraińskie elity, dwie koncepcji, Unia lubelska z 1569 roku. Z tradycji unifikacyjnych I Rzeczypospolitej, red.T. Kempa, K. Mikulski, Toruń, 2011, s.118–137.

34. Брехуненко В. А. Степовий Кордон Європи:  чи існував він у свідомості християнських козаків XVI – першої половини XVII ст., Крізь століття. Студії на пошану Миколи Крикуна з нагоди 80-річчя, ред. кол. О. Вінниченко та ін., Львів, 2012, с. 203–219.

35. Брехуненко В. А. Чисельність християнських козацтв у XVI – першій половині XVII ст., Наукові праці Кам’янець-Подільського національного університету. Історичні науки, вип. 23, ред. кол. В. Смолій та ін., Кам’янець-Подільський, 2012, с. 290–304.

36. Брехуненко В. «Вітчизна» в уявленнях християнських козацтв XVI – першої половини XVII ст.,  Od Kijowa do Rzymu. Z dziejów stosunków Rzeczypospolitej ze stolica Apostolska i Ukraina, pod red. M. Drozdowskiego, W. Walczaka i K.Walczak, Białystok, 2012, s. 117–136.

37. Брехуненко В. А. Московія очима українських козаків у першій половині XVII ст., Studia z dziejów  stosunków Rzeczypodspolitej z Państwem Moskiewskim w XVI–XVII wieku, pod. red. M. Nagielskiego, K. Bobiatyńskiego i P. Gawronia, Zabże, 2014, с. 173–188.

38. Брехуненко В. А. Українські козаки і мусульманські сусіди: транскордонна міграція та взаємодія (XVI – перша половина XVII ст.), Uluslararası Türkiye-Ukrayna İlişkileri Sempozyumu: Kazak Dönemi (1500–1800) Bildiriler (Взаємини між Україною та Туреччиною: козацька доба (1500–1800 рр.),  İstanbul «Çamlıca», 2015, s.227–240.

39. Брехуненко В.  Євреї і  боротьба козаків за українську державність у середині XVII століття,  Наддніпрянська Україна: історичні процеси, події, постаті, відпов. ред. С. І. Світленко, вип. 14, Дніпропетровськ, 2016, с. 70–77.

40. Брехуненко В. А. Кримський ханат і проблема міжнародного визнання ранньомодерної Української держави та суб’єктивації Війська Запорозького Низового, Наукові праці Кам’янець-Подільського національного університету. Історичні науки, ред. кол. В. Смолій та ін., вип. 24, Кам’янець-Подільський, 2016, с. 93-103.

41. Брехуненко Віктор, Від Очакова до Білгорода: українські козаки в турецьких фортецях Північного Причорномор’я (XVI – середина XVII ст.), Проблеми історії країн Центральної та Східної Європи. Збірник наукових праць, гол. ред.. В. Степанков, вип. 6, Кам’янець-Подільський, 2017, с. 108–117.

42. Брехуненко Віктор, Адвокатський хліб: заробітки адвокатів у Гетьманщині, Київські історичні студії, відпов. гол. ред.. В. Михайловський, вип. 1(4), Київ, 2017, с. 60–68.

43. Брехуненко Віктор, Спільні морські походи українських та донських козаків: від хаотичних акцій до військових стратегій Війська Запорозького (перша половина XVII st.), Hortus bellicus. Studia z dziejów wojskowości nowożytnej. Prace ofiarowane Profesorowi Mirosławowi Nagielskiemu, pod red. K. Bobiatyńskiego, P. Gawronia, K. Kossarzeckiego, P. Krolla, D. Milewskiego „Biblioteka Epoki Nowożytnej”, 5/ 2016, Warszawa, 2017, s. 205–224.

44. Brechunenko Wiktor, Радзивіли в політичних концепціях старшини Війська Запорозького кінця XVI – першої половини XVII ст., Radziwiłłowie w służbie Marsa, Warszawa, red. Mirosław Nagielski, K. Żojdż, 2017 s. 137–151.

45. Брехуненко В. Розвідувальна діяльність в Україні Посольського та Розрядного приказів Московської держави (XVI–XVII ст.), Наукові праці Кам’янець-Подільського національного університету імені Івана Огієнка. Історичні науки, ред. кол. В.Смолій та ін., т. 28, Кам’янець-Подільський, 2018, с. 162–179.

46. Брехуненко В. Ранние казачьи сообщества в украинском и русском этнических пространствах, Средневековые  тюрко-татарские государства, 4 (2018), с. 21–32.

47. Brechunenko W. Unia Hadziacka 1658 roku i problem uznania międzynarodowego Hetmanatu, Przegląd Wschodni, (15) 2019, s. 743–758.

48. Брехуненко В. Уповноваження адвоката клієнтом як дзеркало ставлення старшини Гетьманщини до імперського центру у XVIII ст., Наукові праці Кам’янець-Подільського національного університету імені Івана Огієнка. Історичні науки, ред. кол. В. Смолій та ін., т. 30, Кам’янець-Подільський, 2020, с. 247–258.

49. Brechunenko W. Od „ojczyzny miłej” do protektora Hetmańszczezny: obraz Rzeczypospolitej w świadomości Kozaczyzny, Unie Międzypaństwowe, parłamentaryzm, samorządnośc. Studia z dziejów ustroju Rzeczypospolitej obojga narodów, red. W. Yrzuszczsak, Z. Noga, M. Zwierzykowski, K. Fokt, Warszawa 2020, c. 15–27.

50.Брехуненко В. Хотин і посередництво Війська Запорозького у військовій співпраці між Варшавою та донськими козаками, Wschodni Rocznik Humanistyczny 18, №. 3 (2021), с. 97–118.

doi: 10.36121/vbrekhunenko.18.2021.3.097

51. Брехуненко В. Східна та південна межі України з перспективи запорозького козацтва доби Нової Січі, Чорноморська минувшина записки Відділу історії козацтва на півдні України: зб. наук. праць, за ред.  В. А. Смолія. Одеса, 2023. С. 34–41.

52. Брехуненко В. А. Протиборство Заходу і Московії: українсько-російські відносини у добу Гетьманщини, Заборонити рашизм, за заг. ред. В. Піскун. Київ, 2023. С. 60–71.

Загальна кількість статей 89.

Наукові гранти

1992 – Канадський інститут українських студій (CIUS), дослідницький грант, «Річ Посполита і українські козаки в XVI ст.».

2002–2003 – Фундація «Каса Мяновського» (Польща), грантова програма «Дослідження та досвід», дослідницький грант «Козаки і кримські татари в першій половині XVII ст».

2002–2003 – Наукове Товариство імені Шевченка в Америці, дослідницький грант «Московська експансія і Переяславська рада 1654 року».

2005 – American Council  of  Learned Societies (USA), короткотерміновий дослідницький грант з гуманітаристики «Типологія козацьких спільнот в XVI–XVIІ ст.».

2005–2006  – Канадський інститут українських студій (CIUS), наукова стипендія імені Івана Коляски для наукових досліджень у Канаді «Типологія козацьких спільнот в XVI–XVIІ ст.».

2006 – Фундація «Каса Мяновського» (Польща), грантова програма “Дослідження та досвід», дослідницький грант «Між Європою і Азією: Козацькі спільноти на Великому Кордоні Європи» XVI–XVIІ ст.».

2007–2008 – Gerda Henkel Shifting (Germany), дослідницький грант «Між Європою і Азією: Козацькі спільноти на Великому Кордоні Європи» XVI–XVIІ ст.».

2009–2010 – Фундація «Каса Мяновського» (Польща), грантова програма “Дослідження та досвід», дослідницький грант «Українські козаки і Хотинська війна 1621 року».

2011 – Український науковий інститут Гарвардського університету (HURI), дослідницький грант  імені Євгенія і Даймел Шклярів для наукових досліджень в Українському науковому інституті за темою «Християнські козацтва  і християнські держави: співіснування та інтеграція (XVI–XVIІ ст.)».

2013 – Польська національна комісія у справах ЮНЕСКО, дослідницький грант «Формування ідентичності козаків в Речі Посполитій в першій половині XVIІ ст.».

2014 – Польська національна комісія у справах ЮНЕСКО, дослідницький грант «Станові змагання козаків у Речі Посполитій в першій половині XVIІ ст.».

2017 – Канадський інститут українських студій (CIUS), Фонд українських досліджень імені Івана Іванціва та Мирослави Мисько-Іванців, дослідницький грант для архівної евристики в Польщі за темою «Західна зона європейського Степу в трансформаціях 1700–1775 р.».

2020-2022 – Національний Фонд досліджень України. Колективний грант «Просторові межі українського світу: комплекс уявлень та їхня реалізація в ранньомодерній Україні»

2022. – Канадський інститут українських студій. «Загрожені українські науковці і студенти». Дослідницький грант «Південна Україна чи Новоросія: трансформація Степового фронтиру».

2022. – Інститут гуманітарних досліджень (Відень) та Інститут українських досліджень Гарвардського університету. Дослідницький грант «Солідарність з українськими вченими в Україні»

Відзнаки

Літературно-наукова премія фундації Воляників-Швабінських (США), 2018

Наукова премія імені Самійла Величка (Полтавська міська рада), 2019