У складі Інституту української археографії та джерелознавства ім. М. С. Грушевського НАН України на штатній основі функціонують 7 відділів та Львівське відділення, а також на громадських засадах: Запорізьке відділення, Чернігівський науковий центр, Південний науковий осередок у Миколаєві і Подільський науковий осередок у Хмельницькому.

Відділ теорії і методики археографії та джерелознавчих наук.

Відділ актової археографії.

Відділ джерелознавства нової історії України.

Відділ джерелознавства новітньої історії України.

Відділ пам’яток української культури.

Відділ зарубіжних джерел з історії України.